本发明公开了一种基于PCIe总线的可组态PLC,包括:微控制器、FPGA、PHY芯片、存储器单元、数字量输入单元、数字量输出单元、模拟量输入单元和模拟量输出单元;PCIe总线的实现方式:通过连接器将PCIe总线连接至FPGA器件,采用FPGA实现的PCIe总线,一种点对点串行连接的设备连接方式;可在线组态功能的实现方式:采用无须外围存储器的单片Cortex‑4ARM加PHY芯片的架构方案实现逻辑功能在线组态,具备目前最通用的IEC61131‑3的五种语言编程编译解析执行,包括,梯形图、功能块图、顺序功能图、指令表和结构化文本。本发明具有高传输带宽、高传输可靠度、大数据量、高传输速率、数据传输安全和及时、功能多样化、成本低、可扩展、互联结构灵活可配置的特点。