本发明公开了一种基于PCIe总线的在线重构方法，包括以下步骤：S1：FPGA经PCIe总线接收重构文件的总说明文件，并对总说明文件进行存储，总说明文件用于记录重构文件中分析块之间的总逻辑关系；S2：FPGA经PCIe总线接收重构文件的分析块报文，并对分析块报文的每一帧PCIe总线数据进行解析与存储；S3：FPGA每解析完一帧PCIe总线数据，对当前解析完的一帧PCIe总线数据中的每一个分析块进行在线重构逻辑运算处理，得到分析块的处理结果，直至处理完分析块报文的每一帧PCIe总线数据；S4：FPGA根据分析块之间的总逻辑关系和各个分析块的处理结果，解析得到在线重构逻辑。本发明具有结构简单、快速响应、高速总线在线重构、简单便捷的技术特点。
