本发明公开了一种降解转Bt基因作物秸秆中Bt蛋白的方法。该方法包括下述步骤：向转Bt基因作物秸秆中加入碱液，室温放置20-30分钟；然后对碱液处理后的转Bt基因作物秸秆进行热处理，使转Bt基因作物秸秆中的Bt蛋白降解。试验表明，在NaOH溶液pH值为14，热处理温度为140℃，处理时间为1.5h时，可将转Bt基因水稻秸秆中的Bt蛋白完全降解，降解率达到100.00％。本发明方法简单，耗能低，能够将转Bt基因水稻秸秆中的Bt蛋白完全降解，可避免将转Bt基因水稻秸秆投放到环境后所带来的潜在不利影响。
