本发明公开了一种基于谐振控制器的MMC换流站低电压穿越方法及控制系统。这种方法针对电网不对称故障发生时,MMC换流站输出电流畸变的问题,通过三个谐振控制器分别实现了对于输出电流中负序、零序成分和内部环流的抑制。与已有的在正反转同步坐标系下对电流正负序分量分别控制的方法相比,本方法控制结构更加简单,且能够对零序电流进行抑制,进一步提升MMC换流站的功率送出能力,从而减少DCchopper的设计容量,降低工程建设成本,在故障较轻时甚至能够在无需投入DCchopper的条件下实现系统的故障穿越运行。本发明中提出基于谐振控制器的MMC换流站低电压穿越方法结构简单、效果显著,具有较强的工程实用价值。