本发明公开了一种光通信系统噪声的补偿方法及系统,方法包括:获取神经网络模型的训练样本,所述训练样本包括接收信号和与所述接收信号对应的噪声信号;通过所述训练样本对所述神经网络模型进行训练,得到训练后的神经网络模型;获取待补偿接收信号,并将所述待补偿接收信号输入训练后的神经网络模型中,得到与所述待补偿接收信号对应的噪声信号;根据所述待补偿接收信号对应的噪声信号对所述待补偿接收信号进行补偿。本发明对接收信号进行补偿时,无需知晓整个光纤链路的信号,即可准确计算出噪声,相比现有技术,不仅操作方便,而且补偿效果较好。