本发明公开一种无菌微拟球藻(Nannochloropsis#gaditana)的制备方法,以抗生素的抑菌/杀菌作用为基础,通过筛选具有高效抑菌/杀菌活性,且对藻类毒性小,同时具备不同抑菌/杀菌机制的抗生素,以不同种类抗生素协同作用的方式,达到去除微拟球藻(Nannochloropsis#gaditana)中细菌的目的;所述抗生素及其浓度分别为25~100μg/mL的氯霉素、25~150μg/mL的四环素和25~400μg/mL的头孢曲松钠。本方法工艺简单,便于操作,可推广性强,采用本发明制备的无菌藻株仍保持良好的活性,可正常生长。