本发明为一种非疾病诊断用途的基于硼酸介导的聚合酶链反应检测DNA中5‑羟甲基胞嘧啶的生化分析方法。本发明结合葡萄糖基化反应,利用硼酸及其衍生物试剂可与葡萄糖基化5‑羟甲基胞嘧啶中的邻二醇发生的共价作用,显著增加被复制碱基单元的体积,有效抑制聚合酶扩增反应的特点,提出硼酸介导的DNA聚合酶链扩增反应,可特异性地识别特定基因/片段中的5‑羟甲基胞嘧啶。本发明涉及的方法不受酶切位点限制,可适用于各种生物样品DNA序列中5‑羟甲基胞嘧啶的生化分析鉴定。本方法具有广阔的应用前景,对于进一步阐明5‑羟甲基胞嘧啶的生物学功能具有重要意义。