本发明涉及一种天然气掺氢混气站的自供电系统及其控制方法,系统包括天然气掺氢混气装置、压差发电设备、PEM氢燃料电池、燃气调压器、电力供应控制装置和供电装置;天然气依次经过来气主管道、第一来气分支管道/第二来气分支管道输送至压差发电设备/燃气调压器,压差发电设备/燃气调压器输出天然气依次经过第一出气分支管道/第二出气分支管道、出气主管道输送至天然气掺氢混气装置;氢气依次经过氢气主管道、第一氢气分支管道/第二氢气分支管道输送至天然气掺氢混气装置/PEM氢燃料电池;压差发电设备、PEM氢燃料电池均连接电力供应控制装置和供电装置;供电装置连接天然气掺氢混气装置。本发明能实现自供电并降低供电成本。