本发明公开了一种分段合成结晶II型聚磷酸铵的制备方法。该法采用五氧化二磷为原料,经过两段反应得到晶型稳定的结晶II型聚磷酸铵。一段反应,五氧化二磷加入尿素和三聚氰胺中一种或两种的混合物,将原料混合均匀后经过聚合反应器中160℃~330℃的反应聚合后,完成一段反应。再将一段反应产物与五氧化二磷、磷酸铵盐为磷酸二氢铵或磷酸氢二铵中的一种混合,三种物料混合均匀后,经过压力聚合釜中260℃~350℃的二段反应后,冷却、出料、破碎,得到晶型稳定的结晶II型聚磷酸铵产品。本发明提出的结晶II型聚磷酸铵合成方法,通过简单易操作的两段式反应,相比其它制备方法,能够在较短的反应时间内合成出的晶型稳定的结晶II型聚磷酸铵产品。