本发明公开一种涌底调蓄渠箱的施工方法,在河底上划定施工区域,在划定施工区域上设有两组间隔设置的围堰墙,围堰墙整体沿河流流动方向延伸,围堰墙之间设置支撑杆,支撑杆的左右两端分别与其旁侧的围堰墙连接,将围堰墙的上游、下游进行封堵,使得两组围堰墙之间形成一个工作空间;将工作空间的水抽出,对工作空间进行开挖;用钢筋混凝土建造出通流段;回填物堆填在通流段的上方;将支撑杆、围堰墙拆除。将通流段设在河底的下方,这样就能大大地减少了沿河两岸地面的占用,也大大地降低了施工时对沿河两岸的居民、工厂的影响,同时避开沿岸原先布设有的复杂的管线,最终大幅降低工程造价。本发明的通流段的制作方法能避免截流,且工期短、成本低。本发明用于黑臭水体的治理。