本发明提供了一种亚麻纤维的生物酶脱胶方法,包括以下工艺:亚麻原料浸酸水洗-复配酶处理-柔软处理-脱水烘干-养生-机械处理-成品纤维,其中所述复配酶处理包括去除果胶及半纤维素处理和移除木质素处理;采用本发明的脱胶工艺,复合生物酶可有选择性的去除亚麻纤维中的果胶、半纤维素和木质素,具有专一性和高效性;对纤维损伤小,该工艺可控制亚麻粗纤维的失重率,减少亚麻纤维的强力损失,提高产品品质,提高经济效益;同时能够节能减排,节约用水,保护环境;所用原料为亚麻二粗及亚麻落物,有效的提高亚麻原料的利用率及产品的附加值。