本发明提供了一种含有氨基寡糖素的杀菌组合物及其应用,其包括如下重量份的组分:氨基寡糖素15‑24份、苯噻菌胺17‑25份、啶氧菌酯10‑19份、四霉素7‑13份、辛菌胺醋酸盐5‑9份、甲噻诱胺3‑5份、广谱调节剂2‑4份以及助剂3‑6份,余量为填料,上述各组分的重量份之和为100。本发明的氨基寡糖素和苯噻菌胺复配的杀菌组合物及其应用,通过在现有的含有氨基寡糖素的杀菌组合物中增加杀菌过程中有效成分的种类,有效地扩大了现有杀菌组合物的杀菌谱,提高了杀菌效率,进而显著地扩大了现有杀菌组合物在进行植物病害防治过程中的适用范围。