本发明涉及生物基材料聚羟基脂肪酸酯的制备领域,具体涉及聚羟基脂肪酸酯的分离方法及其制备的聚羟基脂肪酸酯。该方法包括:将聚羟基脂肪酸酯的发酵液进行固液分离,得到菌体沉淀;然后将所述菌体沉淀进行破壁,并对所得破壁产物进行板框过滤,得到所述聚羟基脂肪酸酯;其中,所述板框过滤的滤布上预涂覆有聚羟基脂肪酸酯层。本发明采用板框过滤分离PHA,并且在所述板框过滤的滤布上预涂覆有PHA层,避免了现有技术中采用多次离心分离所造成的成本大、操作困难的缺陷,此外,本发明的方法不带入第三组分,具有PHA回收率高、所得PHA产品纯度高的特性。