本发明公开了一种变形缝复合堵漏密封系统,包括:变形缝和位于变形缝两侧的混凝土体,所述变形缝内部从内往外依次设有下部堵漏剂填充区、下部密封填充区、变形缝密封件和上部密封填充区,所述变形缝密封件包括密封件本体,所述密封件本体的左右两侧对称设有锯齿部,所述锯齿部通过胶黏剂压紧在混凝土体上,所述密封件本体内开设有多个变形孔,所述变形孔之间形成变形区域使密封圈本体受压产生弹性变形。本发明还公开了上述变形缝复合堵漏密封系统的施工方法。通过上述方式,本发明变形缝复合堵漏密封系统及其施工方法,能够提高堵漏效果,使用寿命长,不易损坏,施工比较方便。