本发明公开了一种用于分化的细胞重编程的小分子化合物组合、试剂盒及应用。所述小分子化合物组合包括以下组分:TGF‑β抑制剂,WNT/β‑catenin激动剂和cAMP激动剂和PKC抑制剂;进一步地,所述小分子化合物组合还包括RAR激动剂,DNMT抑制剂,HMT抑制剂,组蛋白去甲基化酶抑制剂,抗坏血酸,JNK抑制剂,ROCK抑制剂和赖氨酸脱乙酰基酶抑制剂中的至少一种。本发明通过采用小分子化合物组合分阶段诱导,能够将分化的细胞重编程为间充质干细胞,各步骤可实现精准质控,便于标准化操作和规模化生产。本发明提供的方法供体来源广泛,患者本人即可作为供体,可在较短时间内获得基础研究、临床治疗或组织工程生产所需的间充质干细胞。