本发明公开了一种射钉弹压合控制系统及其控制方法,该控制系统包括压力机,在压力机的工作台面上设置有浮动压合机构,浮动压合机构包括浮动支撑板和若干竖向延伸的反压冲头,浮动支撑板的中部设置有供反压冲头穿过的让位孔,在浮动支撑板上方设置有两条垫条,反压冲头的上端面低于垫条的上表面;压力机的压头上连接有水平上压板,水平上压板位于浮动压合机构的上方,水平上压板上设置有与钉子载料板的钉子安装孔一一对应的避让孔。本发明压合过程中避免了直接接触钉子,利用反冲压头抵住药筒,药筒始终处于静止状态,使药筒精确对接钉子的容药腔,压合完成的钉子载料板和药筒载料板能够及时回位,便于进行下一次压合,提高生产效率。