本发明公开了一种复合微生物菌剂及其应用。一种复合微生物菌剂，含有保藏号CGMCCNO.16315的嗜盐弧菌Halovibriosp.YL5‑2和保藏号为DSM15503的嗜盐弧菌HalovibriodenitrificansDSM15503；或含有保藏号CGMCCNO.16315的嗜盐弧菌Halovibriosp.YL5‑2菌液和利用海水在TDS＞10％条件下富集培养得到的菌液。本发明所述的微生物菌剂，可应用于盐浓度1％～30％范围内污染物的降解转化，特别是工业化规模的高盐废水处理、土壤修复、地下水治理、海洋环境修复和生态环境治理等。
