本发明公开了一种水性环氧防腐涂料及其制备方法。所述水性环氧防腐涂料含组份A、组份B,所述组份A与所述组份B质量比为(3~5):1;所述组份A包括以质量比计的以下组份:水性环氧乳液35‑40份,碳黑1‑2份,云母粉10‑15份,沉淀硫酸钡10‑15份,氧化石墨烯/烷基苯磺酸盐5‑10份,润湿分散剂1‑2份,消泡剂0.3‑0.5份,流平剂0.3‑0.5份,触变剂1‑2份,去离子水20‑30份;所述组份B包括以质量比计的以下组份:水性环氧固化剂7‑10份,助溶剂3‑5份,去离子水10‑15份,含氨基的有机硅单体1‑3份。本发明的水性环氧防腐涂料防腐性能优异、附着力好、耐阴极剥离,适于在海洋环境中应用。