一种含有复合活性盐的水性环氧防腐涂料及其制备方法,所述涂料包括A组分、B组分,两者质量比为(3~5):1;A组分包括:水性环氧乳液35‑40份,碳黑1‑2份,云母粉10‑15份,沉淀硫酸钡10‑15份,复合活性盐亚磷酸盐/偏铝酸盐10‑20份,润湿分散剂1‑2份,消泡剂0.3‑0.5份,流平剂0.3‑0.5份,触变剂2‑3份,去离子水20‑30份;B组分包括:水性环氧固化剂7‑10份,助溶剂3‑5份,去离子水10‑15份,含氨基的有机硅单体1‑3份。本发明选用亚磷酸盐/偏铝酸盐复合活性填料作为防腐填料,与树脂结合形成一层固化膜,制备的水性环氧涂料组合物所形成的涂层具有优异的耐盐雾、耐阴极剥离、耐海水浸泡和耐去离子水浸泡的防腐性能,同时具有优良的附着力。