本发明涉及水性薄膜凹印油墨技术领域,具体涉及一种水性薄膜凹印复合油墨及其制备方法和应用。本发明提供的水性薄膜凹印复合油墨以环保的水性聚氨酯树脂和水性丙烯酸树脂作为油墨的连接料,水性聚氨酯树脂和水性丙烯酸树脂在性能上具有互补作用,降低成本的同时克服彼此的缺陷,利用二者有机结合,并配以适量的润湿剂和消泡剂,并仅采用环保的乙醇和水混合物作为分散介质,有效提高了水性薄膜凹印复合油墨的表面附着能力、剥离强度、润湿性能和干燥速度,符合GB/T26394‑2011《水性薄膜凹印复合油墨》及HJ1089‑2020《印刷工业污染防治可行技术指南》标准。