本发明公开了一种处理农村生活污水的潜流人工湿地生态系统及处理方法,利用美人蕉水培体系中根系优势微生物的加入,快速增加产碱杆菌属、黄杆菌属、溶杆菌属和假单胞菌属等优势细菌的比例,提高人工湿地系统内双加氧酶、脱氢酶、磷酸盐脱氢酶、脲酶、硝酸还原酶和过氧化氢酶基因中脱氢酶基因的丰度;再交叉种植两种湿地植物,产生不同植物根系分泌物,并形成丰富的根系微生物群落结构,能够同时有效去除COD、氨氮和总磷。然后采用连续进水‑间歇进水交替运行的方式,保证脱氮效率的提升,同时维持系统稳定运行。该方法充分利用人工湿地的优点,强化了人工湿地生态系统的快速构建,优化了湿地的运行方式,具有显著的环境、经济及社会价值。