本发明公开了一种利用分子筛‑模拟移动床制备高纯度低聚果糖的方法，取普通级低聚果糖液为原料，用纯水稀释；在稀糖液加入活性炭和聚合硫酸铝组成的复合吸附剂，搅拌，过滤，取滤液；滤液通过模拟移动床分离纯化，得高纯度低聚果糖液；将低聚果糖液在超低温真空下减压浓缩，即可得到低聚果糖。本发明方法不仅可以实现低聚果糖和单糖二糖的连续高效分离，获得高纯度的低聚果糖，同时回收残余组分生产微功能甜味剂，实现制糖资源的多元化综合利用。同时还具有操作简单、生产效率高、生产过程技术指标可控、无污染、绿色环保、成本低等优点，容易实现工业化生产。
