本发明提供了一种基于移动终端的小型船艇操控系统及方法,为了解决现有小型船艇操控过程只能局限于驾驶舱内操作,无法在其他位置处理综合事务的同时保持操控连续性的技术问题。该系统包括航行控制器、工业控制总线、数字输入输出模块、局域网络、无线接入点和移动终端。方法为:移动终端通过无线通信网络向航行控制器发送相应的控制指令;航行控制器解析控制指令中的执行机构标识、指令标识和指令中的比例信息,并根据执行机构标识、指令标识和比例信息形成对应执行机构的控制数据;通过数据接口对对应执行机构进行相应操作。方便了在船艇的任何位置都能操控船艇,实现了对小型船艇快速安全的驾控操作。