本申请公开了一种钢结构水性防腐涂料及其制备方法,属于高分子材料领域。该钢结构水性防腐涂料的原料包括45‑70重量份的含硅氧烷结构的聚合物乳液,0.5‑5重量份的硅烷偶联剂,5‑10重量份的防锈颜料,5‑10重量份的颜填料,5‑8重量份的成膜助剂,0.5‑4重量份的分散剂,0.1‑1重量份的增稠剂,0.5‑2重量份的其它助剂,5‑20重量份的水。本申请解决了目前水性防腐涂料耐水性和防腐性能差的问题,本申请的钢结构水性防腐涂料具有优异的耐水性、耐盐雾性及防腐性能,将其用于钢结构的保护中,不仅经济,而且安全和环保。