本发明公开了一种生物样本库应用管理系统,包括样本数据采集子系统、样本数据管理子系统、样本数据挖掘子系统、样本数据应用子系统和生物样本数据仓库;样本数据采集子系统用于采集样本数据并上传至生物样本数据仓库;样本数据管理子系统用于记录在运输和储存样本的过程中所产生的管理数据并上传至生物样本数据仓库;样本数据挖掘子系统用于调取样本数据和/或管理数据并进行数据挖掘,产生辅助决策依据;样本数据应用子系统用于根据辅助决策依据制定应用策略。本发明弥补了现有技术中处于各阶段的样本及相关数据不能相互关联的不足,将各个子系统结合在一起,提高了生物样本库运行管理的质量,明确了生物样本库的应用转化方向。