本发明涉及发酵菌株领域，具体而言，提供了一种恩拉霉素高产菌株及其筛选方法。本发明提供的恩拉霉素高产菌株的选育方法，采用常压室温等离子体方法对抗真菌链霉菌进行诱变，其中，常压室温等离子体方法包括：功率90‑110W，气体流量9‑11L/min条件下照射35‑45s，最后筛选得到恩拉霉素高产菌株。该方法利用常压室温等离子体技术作为诱变的方法，针对抗真菌链霉菌进行设计，优选出适合抗真菌链霉菌的试验条件，该试验条件下，抗真菌链霉菌的突变率较高并且正突变率较高，该方法重现性好，可以得到至少提高三倍产率的恩拉霉素高产菌株，并且遗传稳定性好。该方法简便、易操作，省时省力，极大降低了选育成本。
