本发明公开了一种新风系统及其管道的消毒方法,其中新风主机分别与室外进风、出风管道,室内进风、排风管道相连通,且设置有主控制器和副控制器。室外进风、出风管道对应的进风、出风口处,室内进风、排风管道对应的的出风、进风口处均设置有风口电磁阀。室外进风、出风管道,室内进风、排风管道室分别开设有消毒通道口,消毒通道口处设置有消毒通道电磁阀。室外进风管道中与室外出风管道中的消毒通道电磁阀之间、室内进风管道中与室内排风管道中的消毒通道电磁阀之间均设置有管道消毒装置。风口电磁阀、管道消毒装置和消毒通道电磁阀均与副控制器电连接。本发明利用管道消毒装置自动快速对新风系统的管道进行消毒,确保室内空气的质量。