本发明提供一种磁珠清洗分离装置，包括底座、转运盘、注排液组件以及多个磁性件。活动设置于底座上的转运盘将反应杯依次转运至底座上相应的操作位。多个磁性件设置于反应杯的转运路径的两侧面，每个磁性件穿过两磁极端部的连线与竖直线之间形成一个布置夹角，多个布置夹角包括相异的第一夹角和第二夹角。本发明还提供一种包括上述磁珠清洗分离装置的化学发光免疫分析仪。上述磁珠清洗分离装置及化学发光免疫分析仪中，异侧设置的磁性件对反应杯内的磁珠形成对拉的效果，并且布置夹角相异的磁性件能够在不同的方向上吸引磁珠，进而充分、快速打散反应杯内的磁珠。布置夹角相异的磁性件还能够在不同的方向上聚集磁珠，增加了磁珠的聚集速度。
