本实用新型涉及一种电子水泵用的控制器定位结构，包括轴承基座、控制器，所述轴承基座与控制器之间设有散热垫，所述散热垫为环形结构，所述散热垫的两侧端面上的相对两侧均设有定位柱，所述轴承基座、控制器上对应设有与定位柱配合的定位槽，所述轴承基座、控制器以及散热垫之间以可拆卸方式连接。本实用新型通过在轴承基座与控制器之间设置由耐高温材质制成的环形散热垫，将轴承基座与控制器隔离分开，避免了直接接触，然后通过双面异位孔定位，连接轴承基座和控制器；有效地保证了电子水泵在高速运转下的散热需求，以及对于控制器和电子水泵的寿命有着显著地提升。
